相里玄奖回到长安，向唐太宗禀报了出使高丽的情况。唐太宗说：“盖苏文弑高丽国君，迫害高丽大臣，残暴对待高丽民众，现在又不执行我的诏令，侵略邻国，必须讨伐他。”谏议大夫褚遂良说：“陛下麾旗一指，中原大地就平定；顾盼四方，异族就畏惧臣服；威望无人能比。现在却要劳师远征，去攻打小小的高丽，如若一举成功还可以；…
相里玄奖回到长安，向唐太宗禀报了出使高丽的情况。唐太宗说：“盖苏文弑高丽国君，迫害高丽大臣，残暴对待高丽民众，现在又不执行我的诏令，侵略邻国，必须讨伐他。”谏议大夫褚遂良说：“陛下麾旗一指，中原大地就平定；顾盼四方，异族就畏惧臣服；威望无人能比。现在却要劳师远征，去攻打小小的高丽，如若一举成功还可以；假如遭遇挫折，会毁损陛下威望；如若再引发百姓的愤怒反抗，那就难于预料朝廷的安危了。”李世绩说：“前不久薛延陀南下入侵，陛下打算出兵讨伐，因为魏徵强谏而未成行，使之到现在仍为祸患。当初如果实施陛下的策略，北方边陲就会没有战事了。”唐太宗说：“你说得对，这的确是魏徵的过错；朕不久之后就后悔了，只是因为怕阻塞谏言通道而没有说出来。”
唐太宗打算亲自率军去征伐高丽，褚遂良上疏劝阻说：“与人体相同，长安洛阳是心脏，各个州县如四肢，四方异族不过是身外的东西。高丽的确罪恶很大，当然应该讨伐，然而命令两三个强将，率领四五万兵卒，依仗陛下的威望，打败他们易如反掌。现在刚立太子，太子年龄尚小，国内藩镇的事，陛下非常清楚，一旦离开固若金汤的安全区域，跨越辽海的险境，身为万民之主，这样随意远行，万一有不测之事发生，那该怎么处理？这些是臣深深担忧的事啊！”唐太宗并没有采纳他的谏言。当时也有一些大臣劝阻唐太宗伐高丽，唐太宗说：“八个尧帝、九个舜帝，也无法在冬季播种；乡野村夫、儿童少年，在春季播种，农作物就生长，这是由于根据时令来播种的原因。天有时令节气，人有功劳效果，盖苏文上欺国君，下压百姓，民众翘首盼望我们去援救，这正是灭亡高丽的时候，人们议论不休，其原因就是没有看到这一点。”
贞观十九年二月十二日，唐太宗亲自率领军队从洛阳出发东征高丽，任命特进萧瑀为洛阳皇宫留守。十七日，唐太宗下诏：“朕率军从定州出发后，便由太子监国。”开府仪同三司致仕尉迟敬德向唐太宗上书说：“陛下亲征辽东，太子在定州，则长安、洛阳这些重要地方就空虚，臣担心会发生像杨玄感那样的变故。而且高丽不过是边陲小国，根本用不着陛下亲自去操劳，希望能派遣一支部队前去讨伐，很快就可平定高丽。”唐太宗仍旧不听从这一建议，任命尉迟敬德为左一马军总管，跟随他一同前往。
此次讨伐高丽，一共夺取了玄菟、横山、盖牟、磨米、辽东、白岩、卑沙、麦谷、银山、后黄十座城池，迁移辽东、盖牟、白岩三州户口入中原国境内的共七万人。新城、建安、驻骅三大战役共斩杀高丽兵卒四万人，死亡约两千人，战马损失了十分之七八。唐太宗认为，此次未能取得彻底胜利，非常后悔，他感叹说：“魏徵如果还在，不会让我此次出兵讨伐高丽的！”便命人乘驿马迅速赶到长安，用猪羊祭祀魏徵，重新竖立起贞观十七年推倒的魏徵碑，并召集魏徵的妻子儿女到皇上所在的地方，亲自加以慰问赏赐。